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  • 综合管理部门

    • 党委办公室、发展委员会办公室

      (重点工作督察办公室挂靠,挂牌保密委员会办公室)

    • 党委组织部、党校

      (综合考核办公室挂靠)

    • 党委宣传部
    • 党委统战部、社会主义学院
    • 纪委办公室、巡察工作办公室

      (监督检查处、审查调查处挂靠)

    • 党委教师工作部、人力资源处
    • 党委学生工作部、学生工作处、党委人民武装部

      (大学生劳动教育引导中心挂靠)

    • 党委研究生工作部、研究生院、研究生党工委

      (挂牌学位评定委员会办公室)

    • 党委保卫部、保卫处
    • 工会
    • 团委

      (大学生艺术教育中心挂靠)

    • 机关党工委
    • 校长办公室、法制办公室

      【档案馆(校史馆)挂靠】

    • 汉中门校区管理办公室
    • 泰州校区管理办公室
    • 发展规划处

      (挂牌党委发展规划部)

    • 学科建设处

      (国家中医药管理局重点学科建设办公室挂靠)

    • 医院发展管理处
    • 教务处(与教学基地办公室合署)

      (实验教学管理中心、教师教学发展中心挂靠)

    • 科学技术处

      (学报编辑部挂靠,实验动物中心挂靠,挂牌社会科学研究管理办公室、技术转移中心)

    • 国际合作与交流处

      (与国际教育学院合署)(挂牌世界卫生组织传统医学合作中心、国际针灸培训中心、台港澳事务办公室、台港澳教育中心)

    • 继续教育处

      (与继续教育学院合署)

    • 财务处
    • 审计处
    • 后勤基建处

      (校医院挂靠)

    • 实验室与设备管理处

      (科技实验中心挂靠)

    • 国有资产管理处

      (与招投标管理服务中心合署)

    • 离退休工作处、离退休工作党工委
  • 教学科研机构

    • 中医学院
    • 中西医结合学院
    • 药学院

      【绿色智能制药工程学院(卓越工程师学院)挂靠,挂牌新中药学院】

    • 医学院
    • 针灸推拿学院·养生康复学院

      (挂牌丰盛健康学院)

    • 护理学院
    • 养老服务与管理学院

      (挂牌养老产业学院)

    • 卫生经济管理学院

      (挂牌先声商学院)

    • 人工智能与信息技术学院
    • 国际教育学院

      (与国际合作与交流处合署)

    • 继续教育学院

      (与继续教育处合署)

    • 马克思主义学院·医学人文学院
    • 公共外语教学部
    • 体育部
    • 淡安书院
    • 国际经方学院
    • 中医药文献研究院

      (与江苏省中医流派研究院合署)

    • 养老服务与管理研究院

      【挂牌江苏省养老服务管理研究院(筹)】

    • 中药制药过程控制与智能制造技术全国重点实验室
    • 全科医学院

      (设在泰州校区)

    • 智能制药与工程学院

      (设在泰州校区)

    • 医药经贸学院

      (设在泰州校区)

    • 第一临床医学院
  • 教辅机构

    • 高等教育质量评估和研究中心
    • 网络安全与信息化中心
    • 图书馆

      (与博物馆合署)

    • 资产经营企业

      (挂牌科技园管理办公室)